Музыкальную деятельность начал в начале 1980-х годов в г.Омске, сформировав вместе с единомышленниками (наиболее известный из них, являющийся постоянным соратником Летова, Константин Рябинов (Кузя Уо)) рок-группу «Посев», а позднее рок-группу «Гражданская оборона». На заре своей деятельности музыканты «Гражданской обороны» по причине политических гонений со стороны властей были вынуждены записывать свои музыкальные произведения в полуподпольных квартирных условиях.
В 1987—1989 годах Летовым и его соратниками был записан целый ряд альбомов «Гражданской обороны»: «Красный альбом», «Хорошо!», «Мышеловка», «Тоталитаризм», «Некрофилия», «Так закалялась сталь», «Боевой стимул», «Всё идёт по плану», «Песни радости и счастья», «Война», «Армагеддон Попс», «Здорово и вечно», «Русское поле экспериментов». В те же годы записывались альбомы проекта «Коммунизм» (Егор Летов, Константин Рябинов, Олег Судаков (Манагер)), началось сотрудничество Летова и Янки Дягилевой.
Несмотря на полуподпольность существования музыкантов и их т.н. ГрОб-студии, к концу 1980-х и, особенно, в начале 1990-х годов они получили широкую известность в СССР, преимущественно в молодёжных кругах. Песни Летова отличаются мощной энергетикой, живым, простым, энергичным ритмом, нестандартными, подчас шокирующими текстами, своеобразной грубоватой и, вместе с тем, изысканной поэзией. В основе лирики Летова лежит неправильность всего окружающего, и свою позицию он выражает не прямо, а через изображение этой неправильности.
В начале 1990-х годов Летовым – к тому времени прекратившему концертную деятельность «Гражданской обороны» – в рамках психоделического проекта «Егор и опизденевшие» записаны альбомы «Прыг-скок» (1990) и «Сто лет одиночества» (1992), являющиеся одними из наиболее популярных и любимых в народе его альбомов. В 1994 году Летов становится одним из лидеров национал-коммунистического рок-движения «Русский прорыв», ведёт активную гастрольную деятельность. В 1994-1998 годах Егор Летов поддерживал Национал-большевистскую партию и имел партбилет с № 4.
В 1995—1996 годах Летов записывает ещё два альбома «Солнцеворот» и «Невыносимая лёгкость бытия». Его группа вновь называется «Гражданская оборона». Музыка в этих альбомах становится более отточенной, «гранёной», тексты теряют излишнюю грубость, становясь более поэтичными, каждая песня напоминает гимн, приобретая вместе с тем психоделичность. Оба альбома были выпущены в 1997 году.
В феврале 2004 года Летов официально открестился от любых, в том числе националистических, политических сил. До последних лет интерес к творчеству Егора Летова ослабевал, пока в 2004-2005 годах не вышли 2 новых альбома группы «Долгая Счастливая Жизнь» и «Реанимация», в которых были собраны все песни, написанные с выхода альбомов «Солнцеворот» и «Невыносимая лёгкость бытия» в середине 1990-х. В мае 2007 года вышел альбом «Зачем снятся сны», впоследствии названный Егором лучшим и, возможно, последним альбомом группы.
Последний концерт «Гражданской Обороны» состоялся 9 февраля в Екатеринбурге. Известно, что концерт снимался местной телекомпанией.
Егор Летов скончался в возрасте 43 лет, 19 февраля 2008 года у себя дома в Омске, около 16 часов по местному времени. Он был похоронен 21 февраля 2008 года на Старо-Восточном кладбище города Омска, рядом с могилой его матери. На могиле был установлен деревянный крест. Перед похоронами состоялась церемония прощания, на которой присутствовали несколько тысяч человек, в том числе приехавшие из Москвы, Санкт-Петербурга и других городов России.
Исчерпывающих сведений о причине смерти 43-летнего музыканта, подтверждённых близкими Егору Летову людьми, опубликовано не было. В день смерти Егора Летова официальный сайт группы «Гражданская оборона» разместил следующее сообщение:
19.02.08 — Егор Летов умер сегодня во сне дома в Омске. Скоропостижно скончался от остановки сердца.
Вскоре после этого эксперты прокуратуры обнародовали предварительный результат экспертизы, в котором причиной смерти была названа острая сердечная недостаточность. В сообщениях указывалось на то, что официальные результаты экспертизы прокуратуры РФ по Омской области будут названы через месяц.
Однако через месяц в прессу поступили совершенно иные результаты экспертизы. По сообщениям, причиной смерти послужила острая дыхательная недостаточность, развившаяся от отравления алкоголем. Эта версия публиковалась во многих СМИ, некоторые из которых добавляли подробности:
Очевидцы говорят, что музыкант уже был мёртв, когда приехала неотложка. «Судя по внешнему виду, музыкант умер от аспирации рвотных масс. Другими словами, захлебнулся», — рассказал журналистам сотрудник омской службы «скорой помощи».
Известно, что от аспирации рвотных масс при алкогольном отравлении до этого умирали многие выдающиеся рок-музыканты, такие как Джимми Хендрикс, Дженис Джоплин, Джим Моррисон и Джон Бонэм.
Информация об отравлении была резко отвергнута на официальном сайте группы, опубликовавшем следующие сообщения:
03.03.08 — К сожалению, в последние дни возникло большое количество всяких слухов и домыслов, инициируемых жёлтой прессой, относительно произошедшего трагического события... 24.03.08 — Официально сообщаем, что Наталья Чумакова и Сергей Попков не получали никаких результатов проведения судмедэкспертизы! Еще более непонятны приписки о том, что якобы были какие-то очевидцы. Это ложь!
Появившаяся в МК заметка также поставила под сомнение версию об алкогольном отравлении. В ней указывалось, что
по словам близких, Егор Летов не злоупотреблял спиртным. Причём у него с детства было слабое здоровье. В частности, создатель “ГрОба” страдал редким заболеванием — недостаточностью поджелудочной железы... даже маленькая доза спиртного могла стать роковой для Егора.
Через некоторое время на официальном сайте «Гражданской Обороны» было опубликовано большое интервью с участниками группы, в первую очередь — со вдовой Летова Натальей Чумаковой. В этом интервью Наталья отвергла опубликованную прессой информацию, осудила вмешательство журналистов и публики в их частную жизнь, однако и не дала прямого ответа на вопрос о причинах смерти:
Всё, что об этом писали — какие-то больные фантазии... ничего такого, что стоило бы обсуждать, не происходило. Никаких чрезмерных доз алкоголя. Никаких леденящих душу подробностей. А детали его личной жизни, я считаю, никого не должны интересовать. Он умер дома, в постели, даже не переменив позы, в которой спал. Сердце остановилось, остановилось дыхание...
Егор Летов во второй половине 1980-х гг. состоял в гражданском браке с Яной Дягилевой, а также был официально женат (1993 - 1997) на Анне Волковой, а также на Наталье Чумаковой (с 1997 г.), которая также играла на бас-гитаре в ГО.